Bugfix - Summary Statistics Script - Python incompatibility

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Bugfix - Summary Statistics Script - Python incompatibility

Christopher Previti

Dear all,

I hope this can be of use to somebody...

We were having problems with the Summary Statistics Tools


 As indicated there is a dependency on rpy2 (Version 2.7.8), which requires python 3.5 and comes into conflict with the qsummary.py which uses 2.*


Line 63:  tmp_file = tempfile.NamedTemporaryFile( 'w+b' )


 tmp_file = tempfile.NamedTemporaryFile( 'w+' )

Then it'll work.



Dr. Christopher Previti
Genomics and
Proteomics Core Facility
High Throughput Sequencing (W190)

German Cancer Research Center (DKFZ)
Foundation under Public Law
Im Neuenheimer Feld 580
69120 Heidelberg
Room: B2.102 (INF580/TP3)
Phone: +49 6221 42-4434


Management Board: Prof. Dr. Michael Baumann, Prof. Dr. Josef Puchta
VAT-ID No.: DE143293537

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