Problem enabling tripal extension interpro and go

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Problem enabling tripal extension interpro and go

Michael Dondrup-3
Hi again,

after enabling the first extension tripal analysis blast I am now trying to
enable tripal_analysis_go and tripal_analysis_interpro.
There are no more pending dbupdates, and I have applied the patches.

$ drush pm-enable tripal_analysis_interpro
Module tripal_analysis_interpro doesn't meet the requirements to be enabled.                       [error]
 (Currently using tripal_analysis_interpro error. Some required modules are just being installed.  [error]
Please try again.)

$ drush pm-enable tripal_analysis_goModule tripal_analysis_go doesn't meet the requirements to be enabled.                             [error]
 (Currently using tripal_analysis_go error. Some required modules are just being installed. Please [error]
try again.)

I have checked the dependencies in the .info files, but I have them all enabled I think, see my module list below.

Am I missing something?

Michael



 Package            Name                                                 Type    Status         Version      
 Chaos tool suite   Bulk Export (bulk_export)                            Module  Disabled       7.x-1.9      
 Chaos tool suite   Chaos tools (ctools)                                 Module  Enabled        7.x-1.9      
 Chaos tool suite   Chaos Tools (CTools) AJAX Example                    Module  Not installed  7.x-1.9      
                    (ctools_ajax_sample)                                                                      
 Chaos tool suite   Chaos Tools (CTools) Plugin Example                  Module  Not installed  7.x-1.9      
                    (ctools_plugin_example)                                                                  
 Chaos tool suite   Custom content panes (ctools_custom_content)         Module  Enabled        7.x-1.9      
 Chaos tool suite   Custom rulesets (ctools_access_ruleset)              Module  Enabled        7.x-1.9      
 Chaos tool suite   Page manager (page_manager)                          Module  Disabled       7.x-1.9      
 Chaos tool suite   Stylizer (stylizer)                                  Module  Enabled        7.x-1.9      
 Chaos tool suite   Term Depth access (term_depth)                       Module  Enabled        7.x-1.9      
 Chaos tool suite   Views content panes (views_content)                  Module  Enabled        7.x-1.9      
 Core               Aggregator (aggregator)                              Module  Enabled        7.41          
 Core               Block (block)                                        Module  Enabled        7.41          
 Core               Blog (blog)                                          Module  Enabled        7.41          
 Core               Book (book)                                          Module  Enabled        7.41          
 Core               Color (color)                                        Module  Enabled        7.41          
 Core               Comment (comment)                                    Module  Enabled        7.41          
 Core               Contact (contact)                                    Module  Enabled        7.41          
 Core               Content translation (translation)                    Module  Enabled        7.41          
 Core               Contextual links (contextual)                        Module  Enabled        7.41          
 Core               Dashboard (dashboard)                                Module  Enabled        7.41          
 Core               Database logging (dblog)                             Module  Enabled        7.41          
 Core               Field (field)                                        Module  Enabled        7.41          
 Core               Field SQL storage (field_sql_storage)                Module  Enabled        7.41          
 Core               Field UI (field_ui)                                  Module  Enabled        7.41          
 Core               File (file)                                          Module  Enabled        7.41          
 Core               Filter (filter)                                      Module  Enabled        7.41          
 Core               Forum (forum)                                        Module  Enabled        7.41          
 Core               Help (help)                                          Module  Enabled        7.41          
 Core               Image (image)                                        Module  Enabled        7.41          
 Core               List (list)                                          Module  Enabled        7.41          
 Core               Locale (locale)                                      Module  Enabled        7.41          
 Core               Menu (menu)                                          Module  Enabled        7.41          
 Core               Node (node)                                          Module  Enabled        7.41          
 Core               Number (number)                                      Module  Enabled        7.41          
 Core               OpenID (openid)                                      Module  Not installed  7.41          
 Core               Options (options)                                    Module  Enabled        7.41          
 Core               Overlay (overlay)                                    Module  Enabled        7.41          
 Core               Path (path)                                          Module  Enabled        7.41          
 Core               PHP filter (php)                                     Module  Enabled        7.41          
 Core               Poll (poll)                                          Module  Enabled        7.41          
 Core               RDF (rdf)                                            Module  Not installed  7.41          
 Core               Search (search)                                      Module  Enabled        7.41          
 Core               Shortcut (shortcut)                                  Module  Enabled        7.41          
 Core               Statistics (statistics)                              Module  Enabled        7.41          
 Core               Syslog (syslog)                                      Module  Enabled        7.41          
 Core               System (system)                                      Module  Enabled        7.41          
 Core               Taxonomy (taxonomy)                                  Module  Enabled        7.41          
 Core               Testing (simpletest)                                 Module  Not installed  7.41          
 Core               Text (text)                                          Module  Enabled        7.41          
 Core               Toolbar (toolbar)                                    Module  Enabled        7.41          
 Core               Tracker (tracker)                                    Module  Enabled        7.41          
 Core               Trigger (trigger)                                    Module  Not installed  7.41          
 Core               Update manager (update)                              Module  Enabled        7.41          
 Core               User (user)                                          Module  Enabled        7.41          
 Tripal             Tripal Analysis (tripal_analysis)                    Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
 Tripal             Tripal Bulk Loader (tripal_bulk_loader)              Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
 Tripal             Tripal Contact (tripal_contact)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
 Tripal             Tripal Core (tripal_core)                            Module  Enabled        7.x-2.x      
 Tripal             Tripal CV (tripal_cv)                                Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
 Tripal             Tripal DB (tripal_db)                                Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
 Tripal             Tripal Feature (tripal_feature)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
 Tripal             Tripal Feature Map (tripal_featuremap)               Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
 Tripal             Tripal Genetic (tripal_genetic)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
 Tripal             Tripal Library (tripal_library)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
 Tripal             Tripal Natural Diversity (tripal_natural_diversity)  Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
 Tripal             Tripal Organism (tripal_organism)                    Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
 Tripal             Tripal Phenotype (tripal_phenotype)                  Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
 Tripal             Tripal Project (tripal_project)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
 Tripal             Tripal Publication (tripal_pub)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
 Tripal             Tripal Stock (tripal_stock)                          Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
 Tripal             Tripal Views (tripal_views)                          Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
 Tripal Extensions  Tripal Blast (tripal_analysis_blast)                 Module  Enabled        7.x-2.0      
 Tripal Extensions  Tripal Example (tripal_example)                      Module  Not installed  7.x-2.1-beta2
 Tripal Extensions  Tripal GO (tripal_analysis_go)                       Module  Disabled       7.x-2.x-dev  
 Tripal Extensions  Tripal Interpro (tripal_analysis_interpro)           Module  Disabled       7.x-2.0      
 Views              Views (views)                                        Module  Enabled        7.x-3.13      
 Views              Views UI (views_ui)                                  Module  Enabled        7.x-3.13      
 Core               Bartik (bartik)                                      Theme   Disabled       7.41          
 Core               Garland (garland)                                    Theme   Enabled        7.41          
 Core               Seven (seven)                                        Theme   Disabled       7.41          
 Core               Stark (stark)                                        Theme   Disabled       7.41          



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Re: Problem enabling tripal extension interpro and go

Stephen Ficklin-2
Hi Michael,

I have applied a correction to Tripal that should fix this problem for
you.  It was caused by the earlier fix I made to correct the upgrade
problem you had and I inadvertently misspelled the name of the file with
Deprecated API functions.  The InterPro module was trying to use one of
those functions and it failed.

Please update your Tripal code to the most recent development version
from the git repository.

Also, the GO module was never fully converted to work with Tripal 2.  
It's still in very pre-alpha development stage.  No one has complained
about it not working and in the past we've had complaints about folks
not liking the pie-charts it generates anyway.   If you would like it
back let us know and we'll see about finishing it up.

Stephen

On 1/30/2016 5:59 AM, Michael Dondrup wrote:

> Hi again,
>
> after enabling the first extension tripal analysis blast I am now trying to
> enable tripal_analysis_go and tripal_analysis_interpro.
> There are no more pending dbupdates, and I have applied the patches.
>
> $ drush pm-enable tripal_analysis_interpro
> Module tripal_analysis_interpro doesn't meet the requirements to be enabled.                       [error]
>   (Currently using tripal_analysis_interpro error. Some required modules are just being installed.  [error]
> Please try again.)
>
> $ drush pm-enable tripal_analysis_goModule tripal_analysis_go doesn't meet the requirements to be enabled.                             [error]
>   (Currently using tripal_analysis_go error. Some required modules are just being installed. Please [error]
> try again.)
>
> I have checked the dependencies in the .info files, but I have them all enabled I think, see my module list below.
>
> Am I missing something?
>
> Michael
>
>
>
>   Package            Name                                                 Type    Status         Version
>   Chaos tool suite   Bulk Export (bulk_export)                            Module  Disabled       7.x-1.9
>   Chaos tool suite   Chaos tools (ctools)                                 Module  Enabled        7.x-1.9
>   Chaos tool suite   Chaos Tools (CTools) AJAX Example                    Module  Not installed  7.x-1.9
>                      (ctools_ajax_sample)
>   Chaos tool suite   Chaos Tools (CTools) Plugin Example                  Module  Not installed  7.x-1.9
>                      (ctools_plugin_example)
>   Chaos tool suite   Custom content panes (ctools_custom_content)         Module  Enabled        7.x-1.9
>   Chaos tool suite   Custom rulesets (ctools_access_ruleset)              Module  Enabled        7.x-1.9
>   Chaos tool suite   Page manager (page_manager)                          Module  Disabled       7.x-1.9
>   Chaos tool suite   Stylizer (stylizer)                                  Module  Enabled        7.x-1.9
>   Chaos tool suite   Term Depth access (term_depth)                       Module  Enabled        7.x-1.9
>   Chaos tool suite   Views content panes (views_content)                  Module  Enabled        7.x-1.9
>   Core               Aggregator (aggregator)                              Module  Enabled        7.41
>   Core               Block (block)                                        Module  Enabled        7.41
>   Core               Blog (blog)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               Book (book)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               Color (color)                                        Module  Enabled        7.41
>   Core               Comment (comment)                                    Module  Enabled        7.41
>   Core               Contact (contact)                                    Module  Enabled        7.41
>   Core               Content translation (translation)                    Module  Enabled        7.41
>   Core               Contextual links (contextual)                        Module  Enabled        7.41
>   Core               Dashboard (dashboard)                                Module  Enabled        7.41
>   Core               Database logging (dblog)                             Module  Enabled        7.41
>   Core               Field (field)                                        Module  Enabled        7.41
>   Core               Field SQL storage (field_sql_storage)                Module  Enabled        7.41
>   Core               Field UI (field_ui)                                  Module  Enabled        7.41
>   Core               File (file)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               Filter (filter)                                      Module  Enabled        7.41
>   Core               Forum (forum)                                        Module  Enabled        7.41
>   Core               Help (help)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               Image (image)                                        Module  Enabled        7.41
>   Core               List (list)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               Locale (locale)                                      Module  Enabled        7.41
>   Core               Menu (menu)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               Node (node)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               Number (number)                                      Module  Enabled        7.41
>   Core               OpenID (openid)                                      Module  Not installed  7.41
>   Core               Options (options)                                    Module  Enabled        7.41
>   Core               Overlay (overlay)                                    Module  Enabled        7.41
>   Core               Path (path)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               PHP filter (php)                                     Module  Enabled        7.41
>   Core               Poll (poll)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               RDF (rdf)                                            Module  Not installed  7.41
>   Core               Search (search)                                      Module  Enabled        7.41
>   Core               Shortcut (shortcut)                                  Module  Enabled        7.41
>   Core               Statistics (statistics)                              Module  Enabled        7.41
>   Core               Syslog (syslog)                                      Module  Enabled        7.41
>   Core               System (system)                                      Module  Enabled        7.41
>   Core               Taxonomy (taxonomy)                                  Module  Enabled        7.41
>   Core               Testing (simpletest)                                 Module  Not installed  7.41
>   Core               Text (text)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               Toolbar (toolbar)                                    Module  Enabled        7.41
>   Core               Tracker (tracker)                                    Module  Enabled        7.41
>   Core               Trigger (trigger)                                    Module  Not installed  7.41
>   Core               Update manager (update)                              Module  Enabled        7.41
>   Core               User (user)                                          Module  Enabled        7.41
>   Tripal             Tripal Analysis (tripal_analysis)                    Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Bulk Loader (tripal_bulk_loader)              Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Contact (tripal_contact)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Core (tripal_core)                            Module  Enabled        7.x-2.x
>   Tripal             Tripal CV (tripal_cv)                                Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal DB (tripal_db)                                Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Feature (tripal_feature)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Feature Map (tripal_featuremap)               Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Genetic (tripal_genetic)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Library (tripal_library)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Natural Diversity (tripal_natural_diversity)  Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Organism (tripal_organism)                    Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Phenotype (tripal_phenotype)                  Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Project (tripal_project)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Publication (tripal_pub)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Stock (tripal_stock)                          Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Views (tripal_views)                          Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal Extensions  Tripal Blast (tripal_analysis_blast)                 Module  Enabled        7.x-2.0
>   Tripal Extensions  Tripal Example (tripal_example)                      Module  Not installed  7.x-2.1-beta2
>   Tripal Extensions  Tripal GO (tripal_analysis_go)                       Module  Disabled       7.x-2.x-dev
>   Tripal Extensions  Tripal Interpro (tripal_analysis_interpro)           Module  Disabled       7.x-2.0
>   Views              Views (views)                                        Module  Enabled        7.x-3.13
>   Views              Views UI (views_ui)                                  Module  Enabled        7.x-3.13
>   Core               Bartik (bartik)                                      Theme   Disabled       7.41
>   Core               Garland (garland)                                    Theme   Enabled        7.41
>   Core               Seven (seven)                                        Theme   Disabled       7.41
>   Core               Stark (stark)                                        Theme   Disabled       7.41
>
>
>
> ------------------------------------------------------------------------------
> Site24x7 APM Insight: Get Deep Visibility into Application Performance
> APM + Mobile APM + RUM: Monitor 3 App instances at just $35/Month
> Monitor end-to-end web transactions and take corrective actions now
> Troubleshoot faster and improve end-user experience. Signup Now!
> http://pubads.g.doubleclick.net/gampad/clk?id=267308311&iu=/4140
> _______________________________________________
> Gmod-tripal mailing list
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Re: Problem enabling tripal extension interpro and go

Sofia Robb
Hi Stephen,

I would like to see the GO module working. 

Sofia

On Mon, Feb 1, 2016 at 1:16 PM, Stephen Ficklin <[hidden email]> wrote:
Hi Michael,

I have applied a correction to Tripal that should fix this problem for
you.  It was caused by the earlier fix I made to correct the upgrade
problem you had and I inadvertently misspelled the name of the file with
Deprecated API functions.  The InterPro module was trying to use one of
those functions and it failed.

Please update your Tripal code to the most recent development version
from the git repository.

Also, the GO module was never fully converted to work with Tripal 2.
It's still in very pre-alpha development stage.  No one has complained
about it not working and in the past we've had complaints about folks
not liking the pie-charts it generates anyway.   If you would like it
back let us know and we'll see about finishing it up.

Stephen

On 1/30/2016 5:59 AM, Michael Dondrup wrote:
> Hi again,
>
> after enabling the first extension tripal analysis blast I am now trying to
> enable tripal_analysis_go and tripal_analysis_interpro.
> There are no more pending dbupdates, and I have applied the patches.
>
> $ drush pm-enable tripal_analysis_interpro
> Module tripal_analysis_interpro doesn't meet the requirements to be enabled.                       [error]
>   (Currently using tripal_analysis_interpro error. Some required modules are just being installed.  [error]
> Please try again.)
>
> $ drush pm-enable tripal_analysis_goModule tripal_analysis_go doesn't meet the requirements to be enabled.                             [error]
>   (Currently using tripal_analysis_go error. Some required modules are just being installed. Please [error]
> try again.)
>
> I have checked the dependencies in the .info files, but I have them all enabled I think, see my module list below.
>
> Am I missing something?
>
> Michael
>
>
>
>   Package            Name                                                 Type    Status         Version
>   Chaos tool suite   Bulk Export (bulk_export)                            Module  Disabled       7.x-1.9
>   Chaos tool suite   Chaos tools (ctools)                                 Module  Enabled        7.x-1.9
>   Chaos tool suite   Chaos Tools (CTools) AJAX Example                    Module  Not installed  7.x-1.9
>                      (ctools_ajax_sample)
>   Chaos tool suite   Chaos Tools (CTools) Plugin Example                  Module  Not installed  7.x-1.9
>                      (ctools_plugin_example)
>   Chaos tool suite   Custom content panes (ctools_custom_content)         Module  Enabled        7.x-1.9
>   Chaos tool suite   Custom rulesets (ctools_access_ruleset)              Module  Enabled        7.x-1.9
>   Chaos tool suite   Page manager (page_manager)                          Module  Disabled       7.x-1.9
>   Chaos tool suite   Stylizer (stylizer)                                  Module  Enabled        7.x-1.9
>   Chaos tool suite   Term Depth access (term_depth)                       Module  Enabled        7.x-1.9
>   Chaos tool suite   Views content panes (views_content)                  Module  Enabled        7.x-1.9
>   Core               Aggregator (aggregator)                              Module  Enabled        7.41
>   Core               Block (block)                                        Module  Enabled        7.41
>   Core               Blog (blog)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               Book (book)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               Color (color)                                        Module  Enabled        7.41
>   Core               Comment (comment)                                    Module  Enabled        7.41
>   Core               Contact (contact)                                    Module  Enabled        7.41
>   Core               Content translation (translation)                    Module  Enabled        7.41
>   Core               Contextual links (contextual)                        Module  Enabled        7.41
>   Core               Dashboard (dashboard)                                Module  Enabled        7.41
>   Core               Database logging (dblog)                             Module  Enabled        7.41
>   Core               Field (field)                                        Module  Enabled        7.41
>   Core               Field SQL storage (field_sql_storage)                Module  Enabled        7.41
>   Core               Field UI (field_ui)                                  Module  Enabled        7.41
>   Core               File (file)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               Filter (filter)                                      Module  Enabled        7.41
>   Core               Forum (forum)                                        Module  Enabled        7.41
>   Core               Help (help)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               Image (image)                                        Module  Enabled        7.41
>   Core               List (list)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               Locale (locale)                                      Module  Enabled        7.41
>   Core               Menu (menu)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               Node (node)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               Number (number)                                      Module  Enabled        7.41
>   Core               OpenID (openid)                                      Module  Not installed  7.41
>   Core               Options (options)                                    Module  Enabled        7.41
>   Core               Overlay (overlay)                                    Module  Enabled        7.41
>   Core               Path (path)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               PHP filter (php)                                     Module  Enabled        7.41
>   Core               Poll (poll)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               RDF (rdf)                                            Module  Not installed  7.41
>   Core               Search (search)                                      Module  Enabled        7.41
>   Core               Shortcut (shortcut)                                  Module  Enabled        7.41
>   Core               Statistics (statistics)                              Module  Enabled        7.41
>   Core               Syslog (syslog)                                      Module  Enabled        7.41
>   Core               System (system)                                      Module  Enabled        7.41
>   Core               Taxonomy (taxonomy)                                  Module  Enabled        7.41
>   Core               Testing (simpletest)                                 Module  Not installed  7.41
>   Core               Text (text)                                          Module  Enabled        7.41
>   Core               Toolbar (toolbar)                                    Module  Enabled        7.41
>   Core               Tracker (tracker)                                    Module  Enabled        7.41
>   Core               Trigger (trigger)                                    Module  Not installed  7.41
>   Core               Update manager (update)                              Module  Enabled        7.41
>   Core               User (user)                                          Module  Enabled        7.41
>   Tripal             Tripal Analysis (tripal_analysis)                    Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Bulk Loader (tripal_bulk_loader)              Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Contact (tripal_contact)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Core (tripal_core)                            Module  Enabled        7.x-2.x
>   Tripal             Tripal CV (tripal_cv)                                Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal DB (tripal_db)                                Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Feature (tripal_feature)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Feature Map (tripal_featuremap)               Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Genetic (tripal_genetic)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Library (tripal_library)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Natural Diversity (tripal_natural_diversity)  Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Organism (tripal_organism)                    Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Phenotype (tripal_phenotype)                  Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Project (tripal_project)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Publication (tripal_pub)                      Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Stock (tripal_stock)                          Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal             Tripal Views (tripal_views)                          Module  Enabled        7.x-2.1-beta2
>   Tripal Extensions  Tripal Blast (tripal_analysis_blast)                 Module  Enabled        7.x-2.0
>   Tripal Extensions  Tripal Example (tripal_example)                      Module  Not installed  7.x-2.1-beta2
>   Tripal Extensions  Tripal GO (tripal_analysis_go)                       Module  Disabled       7.x-2.x-dev
>   Tripal Extensions  Tripal Interpro (tripal_analysis_interpro)           Module  Disabled       7.x-2.0
>   Views              Views (views)                                        Module  Enabled        7.x-3.13
>   Views              Views UI (views_ui)                                  Module  Enabled        7.x-3.13
>   Core               Bartik (bartik)                                      Theme   Disabled       7.41
>   Core               Garland (garland)                                    Theme   Enabled        7.41
>   Core               Seven (seven)                                        Theme   Disabled       7.41
>   Core               Stark (stark)                                        Theme   Disabled       7.41
>
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Re: Problem enabling tripal extension interpro and go

Michael Dondrup-4
In reply to this post by Stephen Ficklin-2
Hi,

thank you very much. I can report it is working, I have enabled interpro
and kegg extensions, the go extension couldn't be enabled. For now we
can regard the drupal core an tripal migration part as finished. Now we
can go for the real tricky part of migrating the custom content types.

Regarding the GO portion, I guess it was little used, and the kegg
display is much more useful to us. However I would like to have a
solution for exporting all genes that have a certain go term or its
descendants assigned in the long run, which I don't see a possibility
for without the go extension. What we did was, search the GO term of
choice in AmiGO, remember the hierarchy and navigate to that point in
the go browser. We are adding an InterMine to our installation now, so
maybe that will allow for go term search.

Of course, it would be awesome to have a free-text search field also in
both the go and kegg module. Maybe these could be implemented as a
student project? If you think that that is a possibility, we can maybe
find one or two students in Bergen.

Best
Michael



On 2016-02-01 21:16, Stephen Ficklin wrote:

> Hi Michael,
>
> I have applied a correction to Tripal that should fix this problem for
> you.  It was caused by the earlier fix I made to correct the upgrade
> problem you had and I inadvertently misspelled the name of the file
> with
> Deprecated API functions.  The InterPro module was trying to use one of
> those functions and it failed.
>
> Please update your Tripal code to the most recent development version
> from the git repository.
>
> Also, the GO module was never fully converted to work with Tripal 2.
> It's still in very pre-alpha development stage.  No one has complained
> about it not working and in the past we've had complaints about folks
> not liking the pie-charts it generates anyway.   If you would like it
> back let us know and we'll see about finishing it up.
>
> Stephen
>
> On 1/30/2016 5:59 AM, Michael Dondrup wrote:
>> Hi again,
>>
>> after enabling the first extension tripal analysis blast I am now
>> trying to
>> enable tripal_analysis_go and tripal_analysis_interpro.
>> There are no more pending dbupdates, and I have applied the patches.
>>
>> $ drush pm-enable tripal_analysis_interpro
>> Module tripal_analysis_interpro doesn't meet the requirements to be
>> enabled.                       [error]
>>   (Currently using tripal_analysis_interpro error. Some required
>> modules are just being installed.  [error]
>> Please try again.)
>>
>> $ drush pm-enable tripal_analysis_goModule tripal_analysis_go doesn't
>> meet the requirements to be enabled.                            
>> [error]
>>   (Currently using tripal_analysis_go error. Some required modules are
>> just being installed. Please [error]
>> try again.)
>>
>> I have checked the dependencies in the .info files, but I have them
>> all enabled I think, see my module list below.
>>
>> Am I missing something?
>>
>> Michael
>>


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