Re: [BioMart Users] problem z BioMartem

classic Classic list List threaded Threaded
5 messages Options
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: [BioMart Users] problem z BioMartem

Arek Kasprzyk
Junjun:
Adam is having problems with this seemingly simple query since the beginning of the week. It all worked fine before. Can you investigate and restore the service to its former glory asap please? :)

cheers,
a

Adam:
Jak sie masz?

Ja przekazalem twoja email do users mailing list. Powiedzialem to do faceta ktory prowadzi ten service dla mnie. Powinni to zreperowac szybko.

Pozdrowienia,
a





2011/9/21 Adam Skowron <[hidden email]>
Dzień dobry,

Używam BioMarta do wyciągania miejsc występowania SNPów na konkretnym chromosomie w określonych pozycjach. Wysyłam następujące zapytanie z wykorzystaniem protokołu REST:

http://www.biomart.org/biomart/martservice/results?query=<Query virtualSchemaName = "default" formatter = "CSV" header = "0" uniqueRows = "0" count = "" datasetConfigVersion = "0.6" ><Dataset name = "hsapiens_snp" interface = "default" ><Filter name = "chrom_start" value = "117120016"/><Filter name = "chrom_end" value = "117308718" /><Filter name = "chr_name" value = "7"/><Attribute name = "chrom_start" /></Dataset></Query>

Ostatnimi czasy wszystko świetnie chodziło i odpowiedź (wyłącznie pozycje) dostawałem praktycznie od razu.
Teraz jednak (od początku tygodnia) na odpowiedź albo czekam bardzo długo.. albo nie dostaję jej wcale (coś się zacina?).

Czy mógłbym prosić o sprawdzenie tego?
Czy trwają może jakieś prace modernizacyjne?

Z góry dziękuję za odpowiedź.

Pozdrawiam,
Adam Skowron


_______________________________________________
Users mailing list
[hidden email]
https://lists.biomart.org/mailman/listinfo/users
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: [BioMart Users] problem z BioMartem

Junjun Zhang
Dear Adam,

I just tried the query, it seems fine to me. I got 1922 rows of result with chromosome coordinates ranging from 117120141 to 117308718, which fall into the range specified by the filters.

Can you please let me know what specific problem you were experiencing?

Best regards,
Junjun


From: Arek Kasprzyk <[hidden email]>
Date: Wed, 21 Sep 2011 11:17:10 -0400
To: Adam Skowron <[hidden email]>
Cc: "[hidden email]" <[hidden email]>
Subject: Re: [BioMart Users] problem z BioMartem

Junjun:
Adam is having problems with this seemingly simple query since the beginning of the week. It all worked fine before. Can you investigate and restore the service to its former glory asap please? :)

cheers,
a

Adam:
Jak sie masz?

Ja przekazalem twoja email do users mailing list. Powiedzialem to do faceta ktory prowadzi ten service dla mnie. Powinni to zreperowac szybko.

Pozdrowienia,
a





2011/9/21 Adam Skowron <[hidden email]>
Dzień dobry,

Używam BioMarta do wyciągania miejsc występowania SNPów na konkretnym chromosomie w określonych pozycjach. Wysyłam następujące zapytanie z wykorzystaniem protokołu REST:

http://www.biomart.org/biomart/martservice/results?query=<Query virtualSchemaName = "default" formatter = "CSV" header = "0" uniqueRows = "0" count = "" datasetConfigVersion = "0.6" ><Dataset name = "hsapiens_snp" interface = "default" ><Filter name = "chrom_start" value = "117120016"/><Filter name = "chrom_end" value = "117308718" /><Filter name = "chr_name" value = "7"/><Attribute name = "chrom_start" /></Dataset></Query>

Ostatnimi czasy wszystko świetnie chodziło i odpowiedź (wyłącznie pozycje) dostawałem praktycznie od razu.
Teraz jednak (od początku tygodnia) na odpowiedź albo czekam bardzo długo.. albo nie dostaję jej wcale (coś się zacina?).

Czy mógłbym prosić o sprawdzenie tego?
Czy trwają może jakieś prace modernizacyjne?

Z góry dziękuję za odpowiedź.

Pozdrawiam,
Adam Skowron


_______________________________________________
Users mailing list
[hidden email]
https://lists.biomart.org/mailman/listinfo/users
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: [BioMart Users] problem z BioMartem

Arek Kasprzyk
Junjun:
i noticed that half an hour ago the server was down. Perhaps it is all back to normal now.
Thank you for checking it

Czesc Adam,
wszystko powinno pracowac OK. Jezeli nie, napisz email

a



2011/9/21 Junjun Zhang <[hidden email]>
Dear Adam,

I just tried the query, it seems fine to me. I got 1922 rows of result with chromosome coordinates ranging from 117120141 to 117308718, which fall into the range specified by the filters.

Can you please let me know what specific problem you were experiencing?

Best regards,
Junjun


From: Arek Kasprzyk <[hidden email]>
Date: Wed, 21 Sep 2011 11:17:10 -0400
To: Adam Skowron <[hidden email]>
Cc: "[hidden email]" <[hidden email]>
Subject: Re: [BioMart Users] problem z BioMartem

Junjun:
Adam is having problems with this seemingly simple query since the beginning of the week. It all worked fine before. Can you investigate and restore the service to its former glory asap please? :)

cheers,
a

Adam:
Jak sie masz?

Ja przekazalem twoja email do users mailing list. Powiedzialem to do faceta ktory prowadzi ten service dla mnie. Powinni to zreperowac szybko.

Pozdrowienia,
a





2011/9/21 Adam Skowron <[hidden email]>
Dzień dobry,

Używam BioMarta do wyciągania miejsc występowania SNPów na konkretnym chromosomie w określonych pozycjach. Wysyłam następujące zapytanie z wykorzystaniem protokołu REST:

http://www.biomart.org/biomart/martservice/results?query=<Query virtualSchemaName = "default" formatter = "CSV" header = "0" uniqueRows = "0" count = "" datasetConfigVersion = "0.6" ><Dataset name = "hsapiens_snp" interface = "default" ><Filter name = "chrom_start" value = "117120016"/><Filter name = "chrom_end" value = "117308718" /><Filter name = "chr_name" value = "7"/><Attribute name = "chrom_start" /></Dataset></Query>

Ostatnimi czasy wszystko świetnie chodziło i odpowiedź (wyłącznie pozycje) dostawałem praktycznie od razu.
Teraz jednak (od początku tygodnia) na odpowiedź albo czekam bardzo długo.. albo nie dostaję jej wcale (coś się zacina?).

Czy mógłbym prosić o sprawdzenie tego?
Czy trwają może jakieś prace modernizacyjne?

Z góry dziękuję za odpowiedź.

Pozdrawiam,
Adam Skowron



_______________________________________________
Users mailing list
[hidden email]
https://lists.biomart.org/mailman/listinfo/users
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: [BioMart Users] problem z BioMartem

Adam Skowron
In reply to this post by Arek Kasprzyk
Dear Junjun and Arek, 

In my opinion the problem is similar to "connection timeout" or to too many connection (problem with too many users who are sending request in same time). 

This is a code from my Java application:

private static String requestREST(String query){
Client rc = new Client();      
rc.setConnectTimeout(0);
WebResource r = rc.resource("http://www.biomart.org/biomart/martservice/results").queryParam("query", query);
return r.get(String.class);
}

where rc is jersey.api.client.Client
Is it ok?

Last week everything was fine. Results I received immediately for each request. 
This week I wait 2-5 minutes to answer or did not get an answer. This is my IP: 77.255.186.15 (but at home I have dynamic IP so it can be hard to check...). Right now (20 minutes ago) I have results after 8-10 minutes. 

Really I don't know what's going on.


Arek: I noticed that you are from Poland so the first mail I sent in Polish. Of course we can write in English. It will be easier to everyone :)


Best regards,
Adam Skowron


Wiadomość napisana przez Arek Kasprzyk w dniu 21 wrz 2011, o godz. 17:17:

Junjun:
Adam is having problems with this seemingly simple query since the beginning of the week. It all worked fine before. Can you investigate and restore the service to its former glory asap please? :)

cheers,
a

Adam:
Jak sie masz?

Ja przekazalem twoja email do users mailing list. Powiedzialem to do faceta ktory prowadzi ten service dla mnie. Powinni to zreperowac szybko.

Pozdrowienia,
a





2011/9/21 Adam Skowron <[hidden email]>
Dzień dobry,

Używam BioMarta do wyciągania miejsc występowania SNPów na konkretnym chromosomie w określonych pozycjach. Wysyłam następujące zapytanie z wykorzystaniem protokołu REST:

http://www.biomart.org/biomart/martservice/results?query=<Query virtualSchemaName = "default" formatter = "CSV" header = "0" uniqueRows = "0" count = "" datasetConfigVersion = "0.6" ><Dataset name = "hsapiens_snp" interface = "default" ><Filter name = "chrom_start" value = "117120016"/><Filter name = "chrom_end" value = "117308718" /><Filter name = "chr_name" value = "7"/><Attribute name = "chrom_start" /></Dataset></Query>

Ostatnimi czasy wszystko świetnie chodziło i odpowiedź (wyłącznie pozycje) dostawałem praktycznie od razu.
Teraz jednak (od początku tygodnia) na odpowiedź albo czekam bardzo długo.. albo nie dostaję jej wcale (coś się zacina?).

Czy mógłbym prosić o sprawdzenie tego?
Czy trwają może jakieś prace modernizacyjne?

Z góry dziękuję za odpowiedź.

Pozdrawiam,
Adam Skowron



_______________________________________________
Users mailing list
[hidden email]
https://lists.biomart.org/mailman/listinfo/users
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: [BioMart Users] problem z BioMartem

Junjun Zhang
Dear Adam,

Yes, this seems related to our database server load. From time to time, our server can be overloaded for a period of time depending on the number of active queries and the nature of the queries. Large number of slow running queries can significantly increase query response time.

We are considering adding more hardware resources to address this issue. Hopefully, it gets better when the plan is implemented.

Hope this information helps to clarify the situation.

Kind regards,
Junjun

From: Adam Skowron <[hidden email]>
Date: Wed, 21 Sep 2011 12:26:52 -0400
To: Arek Kasprzyk <[hidden email]>
Cc: "[hidden email]" <[hidden email]>
Subject: Re: [BioMart Users] problem z BioMartem

Dear Junjun and Arek, 

In my opinion the problem is similar to "connection timeout" or to too many connection (problem with too many users who are sending request in same time). 

This is a code from my Java application:

private static String requestREST(String query){
Client rc = new Client();      
rc.setConnectTimeout(0);
WebResource r = rc.resource("http://www.biomart.org/biomart/martservice/results").queryParam("query", query);
return r.get(String.class);
}

where rc is jersey.api.client.Client
Is it ok?

Last week everything was fine. Results I received immediately for each request. 
This week I wait 2-5 minutes to answer or did not get an answer. This is my IP: 77.255.186.15 (but at home I have dynamic IP so it can be hard to check...). Right now (20 minutes ago) I have results after 8-10 minutes. 

Really I don't know what's going on.


Arek: I noticed that you are from Poland so the first mail I sent in Polish. Of course we can write in English. It will be easier to everyone :)


Best regards,
Adam Skowron


Wiadomość napisana przez Arek Kasprzyk w dniu 21 wrz 2011, o godz. 17:17:

Junjun:
Adam is having problems with this seemingly simple query since the beginning of the week. It all worked fine before. Can you investigate and restore the service to its former glory asap please? :)

cheers,
a

Adam:
Jak sie masz?

Ja przekazalem twoja email do users mailing list. Powiedzialem to do faceta ktory prowadzi ten service dla mnie. Powinni to zreperowac szybko.

Pozdrowienia,
a





2011/9/21 Adam Skowron <[hidden email]>
Dzień dobry,

Używam BioMarta do wyciągania miejsc występowania SNPów na konkretnym chromosomie w określonych pozycjach. Wysyłam następujące zapytanie z wykorzystaniem protokołu REST:

http://www.biomart.org/biomart/martservice/results?query=<Query virtualSchemaName = "default" formatter = "CSV" header = "0" uniqueRows = "0" count = "" datasetConfigVersion = "0.6" ><Dataset name = "hsapiens_snp" interface = "default" ><Filter name = "chrom_start" value = "117120016"/><Filter name = "chrom_end" value = "117308718" /><Filter name = "chr_name" value = "7"/><Attribute name = "chrom_start" /></Dataset></Query>

Ostatnimi czasy wszystko świetnie chodziło i odpowiedź (wyłącznie pozycje) dostawałem praktycznie od razu.
Teraz jednak (od początku tygodnia) na odpowiedź albo czekam bardzo długo.. albo nie dostaję jej wcale (coś się zacina?).

Czy mógłbym prosić o sprawdzenie tego?
Czy trwają może jakieś prace modernizacyjne?

Z góry dziękuję za odpowiedź.

Pozdrawiam,
Adam Skowron



_______________________________________________
Users mailing list
[hidden email]
https://lists.biomart.org/mailman/listinfo/users