Re: [GMOD-devel] Double size is not compatible error, no glyphs rendering, GBrowse 2.08

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Re: [GMOD-devel] Double size is not compatible error, no glyphs rendering, GBrowse 2.08

Lincoln Stein
Try removing the directory /tmp/gbslave_ccache

It holds cached versions of the transmitted data source configuration file, and it is during the thawing of this cached data that you are getting the error.

Lincoln

On Tue, Jun 8, 2010 at 2:58 PM, Hector Andres Urbina Saavedra <[hidden email]> wrote:
Thanks for the help Lincoln,

Unfortunately, we already started reinstalling GBrowse (we deleted all
related directories manually before a installation with cpan).  But we
did, we ran ./Build test with no errors.

I will let you know if the reinstallation works.

Hector.


On Tue, 2010-06-08 at 14:43 -0400, Lincoln Stein wrote:
> Hi Hector,
>
>
> When you installed, did you run "./Build test" ? This should have
> tested the slave function and it should have failed at that point.
>
>
> I'm going to send you a test script to run on the master and slave
> machines in a short while. We should get this sorted out quickly, I
> hope.
>
>
> Lincoln
>
> On Tue, Jun 8, 2010 at 2:09 PM, Hector Andres Urbina Saavedra
> <[hidden email]> wrote:
>         Hi Lincoln,
>
>         Thank you for the answer.  We have an Intel Xeon 64 bits
>         machine, which
>         is running the master and slaves.  Same version of Perl
>         (5.12.1), same
>         Storable library (if you have doubts regarding this, please
>         tell me how
>         to check what libraries are using master and slaves...)
>
>         Greetings,
>
>         Hector.
>
>
>         On Tue, 2010-06-08 at 13:50 -0400, Lincoln Stein wrote:
>         > Hi Hector,
>         >
>         >
>         > Thanks for reporting this. I haven't encountered this error,
>         but it
>         > suggests that the hardware architecture on the slaves is
>         different
>         > than on the master server. Are the slaves running on
>         separate
>         > machines, or perhaps different versions of Perl or the
>         Storable
>         > library?
>         >
>         >
>         > The version number on the bottom apparently gives the major
>         version
>         > number (2.0) and not the minor version number. This is an
>         omission on
>         > my part, but is probably unrelated to your issue.
>         >
>         >
>         > Lincoln
>         >
>         > On Tue, Jun 8, 2010 at 12:56 PM, Hector Andres Urbina
>         Saavedra
>         > <[hidden email]> wrote:
>         >         Hello all,
>         >
>         >         I just upgraded all my perl system, now running
>         GBrowse 2.08,
>         >         but glyphs
>         >         not rendering, with one of the following error
>         messages
>         >         displayed for
>         >         each track in the browser:
>         >
>         >         "Track rendering error: Server closed connection
>         without
>         >         sending any
>         >         data back" or
>         >         "Track rendering error: timeout; try viewing a
>         smaller region"
>         >         <---(that
>         >         doesn't work)
>         >
>         >         in the gbrowse_slave log we have this:
>         >
>         >         ====================================
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [info]   [pid=9406]  [Tue
>         Jun  8
>         >         11:42:42
>         >         2010] [info]   [pid=9402]  Forked child PID 10272
>         >         Forked child PID 10273
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273] [Tue
>         Jun  8
>         >         11:42:42
>         >         2010] [debug]  [pid=10272] [Tue Jun  8 11:42:42
>         2010] [debug]
>         >         [pid=9402]  [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]
>          [pid=9406]
>         >          [Tue Jun  8
>         >         11:42:42 2010] [info]   [pid=9398]  Waiting for
>         connection...
>         >         Waiting for connection...
>         >         Forked child PID 10274
>         >         clone_database() time: 0.000194072723388671875 s
>         >         clone_database() time: 0.000212907791137695312 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=9398]
>          Waiting for
>         >         connection...
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272] [Tue
>         Jun  8
>         >         11:42:42
>         >         2010] [debug]  [pid=10273] Connect from 127.0.0.1
>         >         Connect from 127.0.0.1
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10274]
>         >         clone_database() time:
>         >         0.000113010406494140625 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10274]
>         Connect from
>         >         127.0.0.1
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273]
>         >         process_request(): read
>         >         30373 bytes
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273]
>         >         process_request():
>         >         setting environment
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273]
>         BENCH: reading
>         >         request:
>         >         0.00657892227172851562 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10274]
>         >         process_request(): read
>         >         30364 bytes
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10274]
>         >         process_request():
>         >         setting environment
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10274]
>         BENCH: reading
>         >         request:
>         >         0.00659084320068359375 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273]
>         >         process_request():
>         >         operation = render_tracks
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273]
>         >         render_tracks(): thawing
>         >         parameters
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10274]
>         >         process_request():
>         >         operation = render_tracks
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273]
>         BENCH: setting
>         >         environment: 0.00047206878662109375 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10274]
>         >         render_tracks(): thawing
>         >         parameters
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10274]
>         BENCH: setting
>         >         environment: 0.00045108795166015625 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272]
>         >         process_request(): read
>         >         30367 bytes
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272]
>         >         process_request():
>         >         setting environment
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272]
>         BENCH: reading
>         >         request:
>         >         0.00680398941040039062 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272]
>         >         process_request():
>         >         operation = render_tracks
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272]
>         >         render_tracks(): thawing
>         >         parameters
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272]
>         BENCH: setting
>         >         environment: 0.000701904296875 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273] [Tue
>         Jun  8
>         >         11:42:42
>         >         2010] [debug]  [pid=10274] BENCH: thawing
>         parameters:
>         >         0.00753617286682128906 s
>         >         BENCH: thawing parameters: 0.00754094123840332031 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273] [Tue
>         Jun  8
>         >         11:42:42
>         >         2010] [debug]  [pid=10274] Using cached version of
>         arabidopsis
>         >         config
>         >         data
>         >         Using cached version of arabidopsis config data
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272]
>         BENCH: thawing
>         >         parameters: 0.00790119171142578125 s
>         >         Double size is not compatible
>         at ../../lib/Storable.pm
>         >         (autosplit
>         >         into ../../lib/auto/Storable/_retrieve.al) line 380,
>         <STDIN>
>         >         line 1,
>         >
>         at /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.12.1/x86_64-linux-thread-multi-ld/Bio/Graphics/Browser2/Render/Slave.pm line 285
>         >         Double size is not compatible
>         at ../../lib/Storable.pm
>         >         (autosplit
>         >         into ../../lib/auto/Storable/_retrieve.al) line 380,
>         <STDIN>
>         >         line 1,
>         >
>         at /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.12.1/x86_64-linux-thread-multi-ld/Bio/Graphics/Browser2/Render/Slave.pm line 285
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272]
>         Using cached
>         >         version of
>         >         arabidopsis config data
>         >         Double size is not compatible
>         at ../../lib/Storable.pm
>         >         (autosplit
>         >         into ../../lib/auto/Storable/_retrieve.al) line 380,
>         <STDIN>
>         >         line 1,
>         >
>         at /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.12.1/x86_64-linux-thread-multi-ld/Bio/Graphics/Browser2/Render/Slave.pm line 285
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [info]   [pid=9410]  [Tue
>         Jun  8
>         >         11:42:42
>         >         2010] [info]   [pid=9402]  Forked child PID 10279
>         >         Forked child PID 10278
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10279] [Tue
>         Jun  8
>         >         11:42:42
>         >         2010] [debug]  [pid=10278] [Tue Jun  8 11:42:42
>         2010] [debug]
>         >         [pid=9410]  Waiting for connection...
>         >         ...............
>         >
>         >         (and it repeats for each track)
>         >
>         >         Now I just checked if the bottom of the GBrowse web
>         page says
>         >         "version
>         >         2.08", but it still says "Generic Genome Browser
>         version
>         >         2.00"... Have I
>         >         to do something else to get GBrowse working after
>         each update?
>         >
>         >         Thanks,
>         >
>         >
>         >
>         >
>         >         --
>         >         Hector Urbina Saavedra
>         >         Bioinformatics Engineer
>         >         Bioinformatics Unit - Agri aquaculture Nutritional
>         Genomic
>         >         Center
>         >         Temuco - Chile
>         >         www.cgna.cl
>         >
>         >
>         >
>         >
>         ------------------------------------------------------------------------------
>         >         ThinkGeek and WIRED's GeekDad team up for the
>         Ultimate
>         >         GeekDad Father's Day Giveaway. ONE MASSIVE PRIZE to
>         the
>         >         lucky parental unit.  See the prize list and enter
>         to win:
>         >         http://p.sf.net/sfu/thinkgeek-promo
>         >         _______________________________________________
>         >         Gmod-devel mailing list
>         >         [hidden email]
>         >
>         https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/gmod-devel
>         >
>         >
>         >
>         > --
>         > Lincoln D. Stein
>         > Director, Informatics and Biocomputing Platform
>         > Ontario Institute for Cancer Research
>         > 101 College St., Suite 800
>         > Toronto, ON, Canada M5G0A3
>         > 416 673-8514
>         > Assistant: Renata Musa <[hidden email]>
>         >
>
>
>
>
>
>
> --
> Lincoln D. Stein
> Director, Informatics and Biocomputing Platform
> Ontario Institute for Cancer Research
> 101 College St., Suite 800
> Toronto, ON, Canada M5G0A3
> 416 673-8514
> Assistant: Renata Musa <[hidden email]>
>





--
Lincoln D. Stein
Director, Informatics and Biocomputing Platform
Ontario Institute for Cancer Research
101 College St., Suite 800
Toronto, ON, Canada M5G0A3
416 673-8514
Assistant: Renata Musa <[hidden email]>

------------------------------------------------------------------------------
ThinkGeek and WIRED's GeekDad team up for the Ultimate
GeekDad Father's Day Giveaway. ONE MASSIVE PRIZE to the
lucky parental unit.  See the prize list and enter to win:
http://p.sf.net/sfu/thinkgeek-promo
_______________________________________________
Gmod-gbrowse mailing list
[hidden email]
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/gmod-gbrowse
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Re: [GMOD-devel] Double size is not compatible error, no glyphs rendering, GBrowse 2.08

Lincoln Stein
Here is a script to test the implementation of Storable on your slave server. First run it on the master server:

 master> test_storable.pl test.out
 Wrote data structure to test.out
 master> test_storable.pl test.out
 OK

Now copy the file named test.out to the slave server, and run test_storable.pl on it there:

 slave> test_storable.pl test.out
 OK

Then delete test.out from the slave and run the whole procedure again, but this time starting on the slave machine.

Let me know if you get a "NOT OK" or some error message from Storable.

Lincoln

On Tue, Jun 8, 2010 at 4:11 PM, Lincoln Stein <[hidden email]> wrote:
Try removing the directory /tmp/gbslave_ccache

It holds cached versions of the transmitted data source configuration file, and it is during the thawing of this cached data that you are getting the error.

Lincoln


On Tue, Jun 8, 2010 at 2:58 PM, Hector Andres Urbina Saavedra <[hidden email]> wrote:
Thanks for the help Lincoln,

Unfortunately, we already started reinstalling GBrowse (we deleted all
related directories manually before a installation with cpan).  But we
did, we ran ./Build test with no errors.

I will let you know if the reinstallation works.

Hector.


On Tue, 2010-06-08 at 14:43 -0400, Lincoln Stein wrote:
> Hi Hector,
>
>
> When you installed, did you run "./Build test" ? This should have
> tested the slave function and it should have failed at that point.
>
>
> I'm going to send you a test script to run on the master and slave
> machines in a short while. We should get this sorted out quickly, I
> hope.
>
>
> Lincoln
>
> On Tue, Jun 8, 2010 at 2:09 PM, Hector Andres Urbina Saavedra
> <[hidden email]> wrote:
>         Hi Lincoln,
>
>         Thank you for the answer.  We have an Intel Xeon 64 bits
>         machine, which
>         is running the master and slaves.  Same version of Perl
>         (5.12.1), same
>         Storable library (if you have doubts regarding this, please
>         tell me how
>         to check what libraries are using master and slaves...)
>
>         Greetings,
>
>         Hector.
>
>
>         On Tue, 2010-06-08 at 13:50 -0400, Lincoln Stein wrote:
>         > Hi Hector,
>         >
>         >
>         > Thanks for reporting this. I haven't encountered this error,
>         but it
>         > suggests that the hardware architecture on the slaves is
>         different
>         > than on the master server. Are the slaves running on
>         separate
>         > machines, or perhaps different versions of Perl or the
>         Storable
>         > library?
>         >
>         >
>         > The version number on the bottom apparently gives the major
>         version
>         > number (2.0) and not the minor version number. This is an
>         omission on
>         > my part, but is probably unrelated to your issue.
>         >
>         >
>         > Lincoln
>         >
>         > On Tue, Jun 8, 2010 at 12:56 PM, Hector Andres Urbina
>         Saavedra
>         > <[hidden email]> wrote:
>         >         Hello all,
>         >
>         >         I just upgraded all my perl system, now running
>         GBrowse 2.08,
>         >         but glyphs
>         >         not rendering, with one of the following error
>         messages
>         >         displayed for
>         >         each track in the browser:
>         >
>         >         "Track rendering error: Server closed connection
>         without
>         >         sending any
>         >         data back" or
>         >         "Track rendering error: timeout; try viewing a
>         smaller region"
>         >         <---(that
>         >         doesn't work)
>         >
>         >         in the gbrowse_slave log we have this:
>         >
>         >         ====================================
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [info]   [pid=9406]  [Tue
>         Jun  8
>         >         11:42:42
>         >         2010] [info]   [pid=9402]  Forked child PID 10272
>         >         Forked child PID 10273
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273] [Tue
>         Jun  8
>         >         11:42:42
>         >         2010] [debug]  [pid=10272] [Tue Jun  8 11:42:42
>         2010] [debug]
>         >         [pid=9402]  [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]
>          [pid=9406]
>         >          [Tue Jun  8
>         >         11:42:42 2010] [info]   [pid=9398]  Waiting for
>         connection...
>         >         Waiting for connection...
>         >         Forked child PID 10274
>         >         clone_database() time: 0.000194072723388671875 s
>         >         clone_database() time: 0.000212907791137695312 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=9398]
>          Waiting for
>         >         connection...
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272] [Tue
>         Jun  8
>         >         11:42:42
>         >         2010] [debug]  [pid=10273] Connect from 127.0.0.1
>         >         Connect from 127.0.0.1
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10274]
>         >         clone_database() time:
>         >         0.000113010406494140625 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10274]
>         Connect from
>         >         127.0.0.1
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273]
>         >         process_request(): read
>         >         30373 bytes
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273]
>         >         process_request():
>         >         setting environment
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273]
>         BENCH: reading
>         >         request:
>         >         0.00657892227172851562 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10274]
>         >         process_request(): read
>         >         30364 bytes
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10274]
>         >         process_request():
>         >         setting environment
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10274]
>         BENCH: reading
>         >         request:
>         >         0.00659084320068359375 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273]
>         >         process_request():
>         >         operation = render_tracks
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273]
>         >         render_tracks(): thawing
>         >         parameters
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10274]
>         >         process_request():
>         >         operation = render_tracks
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273]
>         BENCH: setting
>         >         environment: 0.00047206878662109375 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10274]
>         >         render_tracks(): thawing
>         >         parameters
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10274]
>         BENCH: setting
>         >         environment: 0.00045108795166015625 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272]
>         >         process_request(): read
>         >         30367 bytes
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272]
>         >         process_request():
>         >         setting environment
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272]
>         BENCH: reading
>         >         request:
>         >         0.00680398941040039062 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272]
>         >         process_request():
>         >         operation = render_tracks
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272]
>         >         render_tracks(): thawing
>         >         parameters
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272]
>         BENCH: setting
>         >         environment: 0.000701904296875 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273] [Tue
>         Jun  8
>         >         11:42:42
>         >         2010] [debug]  [pid=10274] BENCH: thawing
>         parameters:
>         >         0.00753617286682128906 s
>         >         BENCH: thawing parameters: 0.00754094123840332031 s
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10273] [Tue
>         Jun  8
>         >         11:42:42
>         >         2010] [debug]  [pid=10274] Using cached version of
>         arabidopsis
>         >         config
>         >         data
>         >         Using cached version of arabidopsis config data
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272]
>         BENCH: thawing
>         >         parameters: 0.00790119171142578125 s
>         >         Double size is not compatible
>         at ../../lib/Storable.pm
>         >         (autosplit
>         >         into ../../lib/auto/Storable/_retrieve.al) line 380,
>         <STDIN>
>         >         line 1,
>         >
>         at /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.12.1/x86_64-linux-thread-multi-ld/Bio/Graphics/Browser2/Render/Slave.pm line 285
>         >         Double size is not compatible
>         at ../../lib/Storable.pm
>         >         (autosplit
>         >         into ../../lib/auto/Storable/_retrieve.al) line 380,
>         <STDIN>
>         >         line 1,
>         >
>         at /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.12.1/x86_64-linux-thread-multi-ld/Bio/Graphics/Browser2/Render/Slave.pm line 285
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10272]
>         Using cached
>         >         version of
>         >         arabidopsis config data
>         >         Double size is not compatible
>         at ../../lib/Storable.pm
>         >         (autosplit
>         >         into ../../lib/auto/Storable/_retrieve.al) line 380,
>         <STDIN>
>         >         line 1,
>         >
>         at /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.12.1/x86_64-linux-thread-multi-ld/Bio/Graphics/Browser2/Render/Slave.pm line 285
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [info]   [pid=9410]  [Tue
>         Jun  8
>         >         11:42:42
>         >         2010] [info]   [pid=9402]  Forked child PID 10279
>         >         Forked child PID 10278
>         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [debug]  [pid=10279] [Tue
>         Jun  8
>         >         11:42:42
>         >         2010] [debug]  [pid=10278] [Tue Jun  8 11:42:42
>         2010] [debug]
>         >         [pid=9410]  Waiting for connection...
>         >         ...............
>         >
>         >         (and it repeats for each track)
>         >
>         >         Now I just checked if the bottom of the GBrowse web
>         page says
>         >         "version
>         >         2.08", but it still says "Generic Genome Browser
>         version
>         >         2.00"... Have I
>         >         to do something else to get GBrowse working after
>         each update?
>         >
>         >         Thanks,
>         >
>         >
>         >
>         >
>         >         --
>         >         Hector Urbina Saavedra
>         >         Bioinformatics Engineer
>         >         Bioinformatics Unit - Agri aquaculture Nutritional
>         Genomic
>         >         Center
>         >         Temuco - Chile
>         >         www.cgna.cl
>         >
>         >
>         >
>         >
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>         >         ThinkGeek and WIRED's GeekDad team up for the
>         Ultimate
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>         the
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>         to win:
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>         >         Gmod-devel mailing list
>         >         [hidden email]
>         >
>         https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/gmod-devel
>         >
>         >
>         >
>         > --
>         > Lincoln D. Stein
>         > Director, Informatics and Biocomputing Platform
>         > Ontario Institute for Cancer Research
>         > 101 College St., Suite 800
>         > Toronto, ON, Canada M5G0A3
>         > 416 673-8514
>         > Assistant: Renata Musa <[hidden email]>
>         >
>
>
>
>
>
>
> --
> Lincoln D. Stein
> Director, Informatics and Biocomputing Platform
> Ontario Institute for Cancer Research
> 101 College St., Suite 800
> Toronto, ON, Canada M5G0A3
> 416 673-8514
> Assistant: Renata Musa <[hidden email]>
>





--
Lincoln D. Stein
Director, Informatics and Biocomputing Platform
Ontario Institute for Cancer Research
101 College St., Suite 800
Toronto, ON, Canada M5G0A3
416 673-8514
Assistant: Renata Musa <[hidden email]>



--
Lincoln D. Stein
Director, Informatics and Biocomputing Platform
Ontario Institute for Cancer Research
101 College St., Suite 800
Toronto, ON, Canada M5G0A3
416 673-8514
Assistant: Renata Musa <[hidden email]>

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Gmod-gbrowse mailing list
[hidden email]
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/gmod-gbrowse

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Re: [GMOD-devel] Double size is not compatible error, no glyphs rendering, GBrowse 2.08

Hector Andres Urbina Saavedra
OK, we reinstalled GBrowse and it seems to be OK (glyphs rendering just
fine).

I tried your perl script and it printed OK.  We have only one machine,
where master and slaves run, so I ran test_storable.pl only once.

Thank you.

Hector.


On Tue, 2010-06-08 at 16:37 -0400, Lincoln Stein wrote:

> Here is a script to test the implementation of Storable on your slave
> server. First run it on the master server:
>
>
>          master> test_storable.pl test.out
>          Wrote data structure to test.out
>          master> test_storable.pl test.out
>          OK
>
>
> Now copy the file named test.out to the slave server, and run
> test_storable.pl on it there:
>
>
>          slave> test_storable.pl test.out
>          OK
>
>
> Then delete test.out from the slave and run the whole procedure again,
> but this time starting on the slave machine.
>
>
> Let me know if you get a "NOT OK" or some error message from Storable.
>
>
> Lincoln
>
> On Tue, Jun 8, 2010 at 4:11 PM, Lincoln Stein
> <[hidden email]> wrote:
>         Try removing the directory /tmp/gbslave_ccache
>        
>        
>         It holds cached versions of the transmitted data source
>         configuration file, and it is during the thawing of this
>         cached data that you are getting the error.
>        
>        
>         Lincoln
>        
>        
>        
>         On Tue, Jun 8, 2010 at 2:58 PM, Hector Andres Urbina Saavedra
>         <[hidden email]> wrote:
>                 Thanks for the help Lincoln,
>                
>                 Unfortunately, we already started reinstalling GBrowse
>                 (we deleted all
>                 related directories manually before a installation
>                 with cpan).  But we
>                 did, we ran ./Build test with no errors.
>                
>                 I will let you know if the reinstallation works.
>                
>                 Hector.
>                
>                
>                
>                 On Tue, 2010-06-08 at 14:43 -0400, Lincoln Stein
>                 wrote:
>                 > Hi Hector,
>                 >
>                 >
>                 > When you installed, did you run "./Build test" ?
>                 This should have
>                 > tested the slave function and it should have failed
>                 at that point.
>                 >
>                 >
>                 > I'm going to send you a test script to run on the
>                 master and slave
>                 > machines in a short while. We should get this sorted
>                 out quickly, I
>                 > hope.
>                 >
>                 >
>                 > Lincoln
>                 >
>                 > On Tue, Jun 8, 2010 at 2:09 PM, Hector Andres Urbina
>                 Saavedra
>                 > <[hidden email]> wrote:
>                 >         Hi Lincoln,
>                 >
>                 >         Thank you for the answer.  We have an Intel
>                 Xeon 64 bits
>                 >         machine, which
>                 >         is running the master and slaves.  Same
>                 version of Perl
>                 >         (5.12.1), same
>                 >         Storable library (if you have doubts
>                 regarding this, please
>                 >         tell me how
>                 >         to check what libraries are using master and
>                 slaves...)
>                 >
>                 >         Greetings,
>                 >
>                 >         Hector.
>                 >
>                 >
>                 >         On Tue, 2010-06-08 at 13:50 -0400, Lincoln
>                 Stein wrote:
>                 >         > Hi Hector,
>                 >         >
>                 >         >
>                 >         > Thanks for reporting this. I haven't
>                 encountered this error,
>                 >         but it
>                 >         > suggests that the hardware architecture on
>                 the slaves is
>                 >         different
>                 >         > than on the master server. Are the slaves
>                 running on
>                 >         separate
>                 >         > machines, or perhaps different versions of
>                 Perl or the
>                 >         Storable
>                 >         > library?
>                 >         >
>                 >         >
>                 >         > The version number on the bottom
>                 apparently gives the major
>                 >         version
>                 >         > number (2.0) and not the minor version
>                 number. This is an
>                 >         omission on
>                 >         > my part, but is probably unrelated to your
>                 issue.
>                 >         >
>                 >         >
>                 >         > Lincoln
>                 >         >
>                 >         > On Tue, Jun 8, 2010 at 12:56 PM, Hector
>                 Andres Urbina
>                 >         Saavedra
>                 >         > <[hidden email]> wrote:
>                 >         >         Hello all,
>                 >         >
>                 >         >         I just upgraded all my perl
>                 system, now running
>                 >         GBrowse 2.08,
>                 >         >         but glyphs
>                 >         >         not rendering, with one of the
>                 following error
>                 >         messages
>                 >         >         displayed for
>                 >         >         each track in the browser:
>                 >         >
>                 >         >         "Track rendering error: Server
>                 closed connection
>                 >         without
>                 >         >         sending any
>                 >         >         data back" or
>                 >         >         "Track rendering error: timeout;
>                 try viewing a
>                 >         smaller region"
>                 >         >         <---(that
>                 >         >         doesn't work)
>                 >         >
>                 >         >         in the gbrowse_slave log we have
>                 this:
>                 >         >
>                 >         >
>                 ====================================
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [info]
>                 [pid=9406]  [Tue
>                 >         Jun  8
>                 >         >         11:42:42
>                 >         >         2010] [info]   [pid=9402]  Forked
>                 child PID 10272
>                 >         >         Forked child PID 10273
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10273] [Tue
>                 >         Jun  8
>                 >         >         11:42:42
>                 >         >         2010] [debug]  [pid=10272] [Tue
>                 Jun  8 11:42:42
>                 >         2010] [debug]
>                 >         >         [pid=9402]  [Tue Jun  8 11:42:42
>                 2010] [debug]
>                 >          [pid=9406]
>                 >         >          [Tue Jun  8
>                 >         >         11:42:42 2010] [info]
>                 [pid=9398]  Waiting for
>                 >         connection...
>                 >         >         Waiting for connection...
>                 >         >         Forked child PID 10274
>                 >         >         clone_database() time:
>                 0.000194072723388671875 s
>                 >         >         clone_database() time:
>                 0.000212907791137695312 s
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=9398]
>                 >          Waiting for
>                 >         >         connection...
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10272] [Tue
>                 >         Jun  8
>                 >         >         11:42:42
>                 >         >         2010] [debug]  [pid=10273] Connect
>                 from 127.0.0.1
>                 >         >         Connect from 127.0.0.1
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10274]
>                 >         >         clone_database() time:
>                 >         >         0.000113010406494140625 s
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10274]
>                 >         Connect from
>                 >         >         127.0.0.1
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10273]
>                 >         >         process_request(): read
>                 >         >         30373 bytes
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10273]
>                 >         >         process_request():
>                 >         >         setting environment
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10273]
>                 >         BENCH: reading
>                 >         >         request:
>                 >         >         0.00657892227172851562 s
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10274]
>                 >         >         process_request(): read
>                 >         >         30364 bytes
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10274]
>                 >         >         process_request():
>                 >         >         setting environment
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10274]
>                 >         BENCH: reading
>                 >         >         request:
>                 >         >         0.00659084320068359375 s
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10273]
>                 >         >         process_request():
>                 >         >         operation = render_tracks
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10273]
>                 >         >         render_tracks(): thawing
>                 >         >         parameters
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10274]
>                 >         >         process_request():
>                 >         >         operation = render_tracks
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10273]
>                 >         BENCH: setting
>                 >         >         environment:
>                 0.00047206878662109375 s
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10274]
>                 >         >         render_tracks(): thawing
>                 >         >         parameters
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10274]
>                 >         BENCH: setting
>                 >         >         environment:
>                 0.00045108795166015625 s
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10272]
>                 >         >         process_request(): read
>                 >         >         30367 bytes
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10272]
>                 >         >         process_request():
>                 >         >         setting environment
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10272]
>                 >         BENCH: reading
>                 >         >         request:
>                 >         >         0.00680398941040039062 s
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10272]
>                 >         >         process_request():
>                 >         >         operation = render_tracks
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10272]
>                 >         >         render_tracks(): thawing
>                 >         >         parameters
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10272]
>                 >         BENCH: setting
>                 >         >         environment: 0.000701904296875 s
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10273] [Tue
>                 >         Jun  8
>                 >         >         11:42:42
>                 >         >         2010] [debug]  [pid=10274] BENCH:
>                 thawing
>                 >         parameters:
>                 >         >         0.00753617286682128906 s
>                 >         >         BENCH: thawing parameters:
>                 0.00754094123840332031 s
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10273] [Tue
>                 >         Jun  8
>                 >         >         11:42:42
>                 >         >         2010] [debug]  [pid=10274] Using
>                 cached version of
>                 >         arabidopsis
>                 >         >         config
>                 >         >         data
>                 >         >         Using cached version of
>                 arabidopsis config data
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10272]
>                 >         BENCH: thawing
>                 >         >         parameters: 0.00790119171142578125
>                 s
>                 >         >         Double size is not compatible
>                 >         at ../../lib/Storable.pm
>                 >         >         (autosplit
>                 >         >
>                 into ../../lib/auto/Storable/_retrieve.al) line 380,
>                 >         <STDIN>
>                 >         >         line 1,
>                 >         >
>                 >
>                 at /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.12.1/x86_64-linux-thread-multi-ld/Bio/Graphics/Browser2/Render/Slave.pm line 285
>                 >         >         Double size is not compatible
>                 >         at ../../lib/Storable.pm
>                 >         >         (autosplit
>                 >         >
>                 into ../../lib/auto/Storable/_retrieve.al) line 380,
>                 >         <STDIN>
>                 >         >         line 1,
>                 >         >
>                 >
>                 at /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.12.1/x86_64-linux-thread-multi-ld/Bio/Graphics/Browser2/Render/Slave.pm line 285
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10272]
>                 >         Using cached
>                 >         >         version of
>                 >         >         arabidopsis config data
>                 >         >         Double size is not compatible
>                 >         at ../../lib/Storable.pm
>                 >         >         (autosplit
>                 >         >
>                 into ../../lib/auto/Storable/_retrieve.al) line 380,
>                 >         <STDIN>
>                 >         >         line 1,
>                 >         >
>                 >
>                 at /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.12.1/x86_64-linux-thread-multi-ld/Bio/Graphics/Browser2/Render/Slave.pm line 285
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010] [info]
>                 [pid=9410]  [Tue
>                 >         Jun  8
>                 >         >         11:42:42
>                 >         >         2010] [info]   [pid=9402]  Forked
>                 child PID 10279
>                 >         >         Forked child PID 10278
>                 >         >         [Tue Jun  8 11:42:42 2010]
>                 [debug]  [pid=10279] [Tue
>                 >         Jun  8
>                 >         >         11:42:42
>                 >         >         2010] [debug]  [pid=10278] [Tue
>                 Jun  8 11:42:42
>                 >         2010] [debug]
>                 >         >         [pid=9410]  Waiting for
>                 connection...
>                 >         >         ...............
>                 >         >
>                 >         >         (and it repeats for each track)
>                 >         >
>                 >         >         Now I just checked if the bottom
>                 of the GBrowse web
>                 >         page says
>                 >         >         "version
>                 >         >         2.08", but it still says "Generic
>                 Genome Browser
>                 >         version
>                 >         >         2.00"... Have I
>                 >         >         to do something else to get
>                 GBrowse working after
>                 >         each update?
>                 >         >
>                 >         >         Thanks,
>                 >         >
>                 >         >
>                 >         >
>                 >         >
>                 >         >         --
>                 >         >         Hector Urbina Saavedra
>                 >         >         Bioinformatics Engineer
>                 >         >         Bioinformatics Unit - Agri
>                 aquaculture Nutritional
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>                 >         > Toronto, ON, Canada M5G0A3
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