Why my gene is not annotated ?

[Patrick Tran Van-2]

Dear Maker developper, 

I use a transcipt and a protein file with MAKER, here is the intermediate GFF after the blast :

###

ctg889_racon_pilon3     tblastx translated_nucleotide_match     153760  157392  137     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Name=Tsi_rna

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      157186  157392  263     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:0:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 259 465 -;Gap=M69

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      157218  157391  284     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:1:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 291 464 -;Gap=M58

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      157193  157390  241     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:2:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 266 463 -;Gap=M66

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      156985  157056  87      -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:3:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 223 294 -;Gap=M24

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      156990  157055  96      -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:4:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 228 293 -;Gap=M22

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      156880  156993  166     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:5:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 117 230 -;Gap=M38

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      156879  156986  154     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:6:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 116 223 -;Gap=M36

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      156881  156985  141     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:7:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 118 222 -;Gap=M35

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      153762  153845  128     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:8:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 3 86 -;Gap=M28

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      153761  153844  134     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:9:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 2 85 -;Gap=M28

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      153760  153843  137     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:10:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 1 84 -;Gap=M28

ctg889_racon_pilon3     cdna2genome     expressed_sequence_match        153760  157392  2022    +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hit:1:3.6.0.0;Name=Tsi_rna

ctg889_racon_pilon3     cdna2genome     match_part      153760  153845  2022    +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:11:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:1:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 1 86 +;Gap=M86

ctg889_racon_pilon3     cdna2genome     match_part      155744  155774  2022    +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:12:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:1:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 87 117 +;Gap=M31

ctg889_racon_pilon3     cdna2genome     match_part      156881  157055  2022    +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:13:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:1:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 118 293 +;Gap=M105 I1 M70

ctg889_racon_pilon3     cdna2genome     match_part      157221  157392  2022    +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:14:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:1:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 294 465 +;Gap=M172

ctg889_racon_pilon3     blastx  protein_match   153760  157389  133     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hit:2:3.10.0.0;Name=TSI_CENPA

ctg889_racon_pilon3     blastx  match_part      153760  153846  133     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:15:3.10.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:2:3.10.0.0;Target=TSI_CENPA 1 29;Gap=M29

ctg889_racon_pilon3     blastx  match_part      156881  156994  191     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:16:3.10.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:2:3.10.0.0;Target=TSI_CENPA 40 77;Gap=M38

ctg889_racon_pilon3     blastx  match_part      156985  157389  314     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:17:3.10.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:2:3.10.0.0;Target=TSI_CENPA 75 154;Gap=M19 D35 M4 D20 M57

ctg889_racon_pilon3     protein2genome  protein_match   153760  157389  668     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hit:3:3.10.0.0;Name=TSI_CENPA

ctg889_racon_pilon3     protein2genome  match_part      153760  153845  668     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:18:3.10.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:3:3.10.0.0;Target=TSI_CENPA 1 28;Gap=M28 F2

ctg889_racon_pilon3     protein2genome  match_part      155744  155774  668     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:19:3.10.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:3:3.10.0.0;Target=TSI_CENPA 29 39;Gap=R2 M11

ctg889_racon_pilon3     protein2genome  match_part      156881  157055  668     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:20:3.10.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:3:3.10.0.0;Target=TSI_CENPA 40 97;Gap=M35 I1 M1 F2 M20 F1 F1

ctg889_racon_pilon3     protein2genome  match_part      157221  157389  668     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:21:3.10.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:3:3.10.0.0;Target=TSI_CENPA 98 154;Gap=R2 M57

There is obviously a gene here but at the end I don't have anything annotated by MAKER, why ?

Thanks for your help.

Patrick Tran Van

Bioinformatician: Lab Chapuisat & Schwander
Department of Ecology and Evolution
University of Lausanne
Lausanne - Switzerland
Office 3206

_______________________________________________
maker-devel mailing list
[hidden email]
http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org

[Carson Holt-2]

Are you running a trained gene predictor? Perhaps the predictor does not like something about the area, so even with hints, it cannot make a sensible model. Non-canonical splice sites, runs of NNN, internal stop codons (indicates assembly issue in the region) can be the cause.

—Carson

On Nov 17, 2020, at 9:22 AM, Patrick Tran Van <[hidden email]> wrote:

Dear Maker developper, 

I use a transcipt and a protein file with MAKER, here is the intermediate GFF after the blast :

###

ctg889_racon_pilon3     tblastx translated_nucleotide_match     153760  157392  137     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Name=Tsi_rna

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      157186  157392  263     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:0:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 259 465 -;Gap=M69

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      157218  157391  284     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:1:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 291 464 -;Gap=M58

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      157193  157390  241     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:2:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 266 463 -;Gap=M66

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      156985  157056  87      -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:3:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 223 294 -;Gap=M24

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      156990  157055  96      -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:4:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 228 293 -;Gap=M22

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      156880  156993  166     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:5:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 117 230 -;Gap=M38

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      156879  156986  154     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:6:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 116 223 -;Gap=M36

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      156881  156985  141     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:7:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 118 222 -;Gap=M35

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      153762  153845  128     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:8:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 3 86 -;Gap=M28

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      153761  153844  134     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:9:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 2 85 -;Gap=M28

ctg889_racon_pilon3     tblastx match_part      153760  153843  137     -       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:10:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:0:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 1 84 -;Gap=M28

ctg889_racon_pilon3     cdna2genome     expressed_sequence_match        153760  157392  2022    +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hit:1:3.6.0.0;Name=Tsi_rna

ctg889_racon_pilon3     cdna2genome     match_part      153760  153845  2022    +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:11:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:1:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 1 86 +;Gap=M86

ctg889_racon_pilon3     cdna2genome     match_part      155744  155774  2022    +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:12:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:1:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 87 117 +;Gap=M31

ctg889_racon_pilon3     cdna2genome     match_part      156881  157055  2022    +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:13:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:1:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 118 293 +;Gap=M105 I1 M70

ctg889_racon_pilon3     cdna2genome     match_part      157221  157392  2022    +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:14:3.6.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:1:3.6.0.0;Target=Tsi_rna 294 465 +;Gap=M172

ctg889_racon_pilon3     blastx  protein_match   153760  157389  133     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hit:2:3.10.0.0;Name=TSI_CENPA

ctg889_racon_pilon3     blastx  match_part      153760  153846  133     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:15:3.10.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:2:3.10.0.0;Target=TSI_CENPA 1 29;Gap=M29

ctg889_racon_pilon3     blastx  match_part      156881  156994  191     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:16:3.10.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:2:3.10.0.0;Target=TSI_CENPA 40 77;Gap=M38

ctg889_racon_pilon3     blastx  match_part      156985  157389  314     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:17:3.10.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:2:3.10.0.0;Target=TSI_CENPA 75 154;Gap=M19 D35 M4 D20 M57

ctg889_racon_pilon3     protein2genome  protein_match   153760  157389  668     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hit:3:3.10.0.0;Name=TSI_CENPA

ctg889_racon_pilon3     protein2genome  match_part      153760  153845  668     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:18:3.10.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:3:3.10.0.0;Target=TSI_CENPA 1 28;Gap=M28 F2

ctg889_racon_pilon3     protein2genome  match_part      155744  155774  668     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:19:3.10.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:3:3.10.0.0;Target=TSI_CENPA 29 39;Gap=R2 M11

ctg889_racon_pilon3     protein2genome  match_part      156881  157055  668     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:20:3.10.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:3:3.10.0.0;Target=TSI_CENPA 40 97;Gap=M35 I1 M1 F2 M20 F1 F1

ctg889_racon_pilon3     protein2genome  match_part      157221  157389  668     +       .       ID=ctg889_racon_pilon3:hsp:21:3.10.0.0;Parent=ctg889_racon_pilon3:hit:3:3.10.0.0;Target=TSI_CENPA 98 154;Gap=R2 M57

There is obviously a gene here but at the end I don't have anything annotated by MAKER, why ?

Thanks for your help.

Patrick Tran Van

Bioinformatician: Lab Chapuisat & Schwander 
Department of Ecology and Evolution
University of Lausanne
Lausanne - Switzerland
Office 3206

_______________________________________________
maker-devel mailing list
[hidden email]
http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org

_______________________________________________
maker-devel mailing list
[hidden email]
http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org